本轮机构改革后，原属科技部的中国21世纪议程管理中心、科学技术部高技术研究发展中心被划入基金委。中国科学院科技战略咨询研究院研究员穆荣平对《中国新闻周刊》说，这可能是一种信号，未来国家自然科学基金委会增加前沿引领技术研究开发与创新的资助功能。

　　2018年11月16日，国际顶刊《科学》罕见发表了一篇评价中国国家自然科学基金委改革的社论。文章称，基金委从2018年下半年开启的全方位改革“反映了全球科学与技术研究范式近年来发生的根本性变化”，即“基础研究与应用研究紧密结合、科学研究与技术创新相辅相成、跨学科研究凸显重要性”。

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